St. Mary's İlkokulu Maligaon, St. Mary's Okulu Guwahati'ye kabul baskısını hafifletmek için yan okul olarak açıldı. İlkokul 10 Ocak 1966'da açıldı. St. Mary's Guwahati'den kız kardeşler ve öğretmenler, yeni bir okul binasının inşasını denetlerken geçici bir binada ders vermek için her gün geldiler. 1969'da okul 240 erkek, 145 kız, 8 öğretmen ve 9 diğer çalışanla IV. Sınıfa yükseltildi.
Okulu yükseltmek
St. Mary's, Guwahati'deki Liseye kabul edilmekte zorlanan öğrencilerimizin velilerinden gelen sürekli baskı nedeniyle, yönetim okulu yükseltmeye karar verdi. Bu nedenle, Ocak 1988'den itibaren VIII sınıfı tanıtıldı ve yükseltme devam etti. Ocak 1991'de okul tam teşekküllü bir Lise oldu. İlk öğrenci grubu Mart 1992'de HSLC kamu sınavlarına girdi. Maligaon'daki St. Mary's English Lisesi, 1 Nisan 1998'den itibaren geçerli olmak üzere Assam Orta Öğretim Kurulu'ndan (SEBA) onay aldı.
Orta Öğretim Merkez Kuruluna Bağlılık, Delhi (CBSE)
Velilerimizin sürekli talebi üzerine okulun Merkez Yönetim Kurulu'na bağlanmasına karar verilmiş ve konu üst mercilere taşınmıştır. Kendilerinden gerekli izinlerin alınmasının ardından okulun Orta Öğretim Merkez Kurulu'na bağlanması için süreç başladı. Nihayet Nisan 2011'de okul C.B.S.E.'ye bağlandı. Vide üyelik numarası 230105 ve okul kodu: 30086. X Sınıfı öğrencilerinin C.B.S.E. ve bunların getirdiği mükemmel sonuçlar. Bu bize okulu lise düzeyine yükseltmek için itici güç verdi. Gerekli izin Nisan 2013'te verildi. Şu anda Bilim, Ticaret ve Beşeri Bilimler olmak üzere üç çalışma kolunda XI sınıfında 127 öğrenci var.