Sekolah Dasar St. Mary, Maligaon, dimulai sebagai sekolah cabang untuk mengurangi tekanan penerimaan di Sekolah St. Mary Guwahati. Sekolah dasar dibuka pada tanggal 10 Januari 1966. Para suster dan guru datang setiap hari dari St. Mary's Guwahati untuk mengajar di gedung sementara, sambil mengawasi pembangunan gedung sekolah baru. Pada tahun 1969 sekolah tersebut ditingkatkan menjadi kelas IV dengan 240 anak laki-laki, 145 anak perempuan, 8 guru dan 9 pegawai lainnya.

Mengupgrade sekolah

Karena tekanan terus-menerus dari orang tua siswa kami yang merasa sulit untuk diterima di Sekolah Menengah Atas St. Mary's, Guwahati, manajemen memutuskan untuk meningkatkan sekolah tersebut. Maka mulai Januari 1988 kelas VIII diperkenalkan dan penataran dilanjutkan. Pada bulan Januari 1991 sekolah tersebut menjadi Sekolah Menengah Atas. Kelompok siswa pertama muncul untuk ujian publik HSLC pada Maret 1992. Sekolah Menengah Bahasa Inggris St. Mary, Maligaon memperoleh pengakuannya dari Dewan Pendidikan Menengah, Assam (SEBA) mulai 1 April 1998.

Afiliasi ke Dewan Pusat Pendidikan Menengah, Delhi (CBSE)

Sesuai permintaan terus menerus dari orang tua kami telah memutuskan untuk mengafiliasi sekolah ke Dewan Pusat dan masalah tersebut dibawa ke otoritas yang lebih tinggi. Setelah izin yang diperlukan dari mereka, proses afiliasi sekolah ke Dewan Pusat Pendidikan Menengah dimulai. Akhirnya pada bulan April 2011 sekolah tersebut berafiliasi dengan C.B.S.E. Vide afiliasi No. 230105 dan kode sekolah: 30086. Kami bersukacita atas angkatan pertama siswa Kelas X yang menulis ujian mereka di bawah C.B.S.E. dan hasil luar biasa yang dibawa oleh mereka. Ini memberi kami dorongan untuk meningkatkan sekolah ke tingkat menengah atas. Izin yang diperlukan diberikan pada April 2013. Saat ini jumlah siswa kelas XI sebanyak 127 orang, dalam tiga jurusan yaitu Sains, Perdagangan dan Humaniora.