Szkoła Podstawowa St. Mary’s, Maligaon, została założona jako szkoła filialna, aby zmniejszyć presję związaną z przyjmowaniem do St. Mary’s School Guwahati. Szkołę podstawową otwarto 10 stycznia 1966 roku. Siostry i nauczycielki przyjeżdżały codziennie z St. Mary’s Guwahati, aby prowadzić zajęcia w tymczasowym budynku, jednocześnie nadzorując budowę nowego budynku szkolnego. W 1969 roku szkoła awansowała do klasy IV z 240 chłopcami, 145 dziewczętami, 8 nauczycielami i 9 innymi pracownikami.
Modernizacja szkoły
Ze względu na ciągłą presję ze strony rodziców naszych uczniów, którzy mieli trudności z przyjęciem do Liceum w St. Mary's, Guwahati, dyrekcja zdecydowała o modernizacji szkoły. Stąd od stycznia 1988 roku wprowadzono klasę VIII i kontynuowano modernizację. W styczniu 1991 roku szkoła stała się pełnoprawnym Liceum Ogólnokształcącym. Pierwsza grupa uczniów przystąpiła do egzaminów państwowych HSLC w marcu 1992 roku. St. Mary's English High School w Maligaon uzyskała uznanie Kuratorium Oświaty w Assam (SEBA) ze skutkiem od 1 kwietnia 1998 roku.
Przynależność do Centralnej Rady Szkolnictwa Średniego, Delhi (CBSE)
Na nieustające prośby rodziców podjęliśmy decyzję o przyłączeniu szkoły do Zarządu Głównego i sprawa trafiła do wyższych władz. Po uzyskaniu od nich niezbędnej zgody rozpoczął się proces o przynależność szkoły do Centralnego Zarządu Szkolnictwa Średniego. Wreszcie w kwietniu 2011 roku szkoła została zrzeszona w C.B.S.E. Zobacz numer przynależności 230105 i kod szkoły: 30086. Cieszymy się, że pierwsza grupa uczniów klasy X pisze egzamin pod kierunkiem C.B.S.E. i doskonałe wyniki, jakie przyniosły. Dało to impuls do podniesienia szkoły do poziomu ponadgimnazjalnego. Niezbędne pozwolenie zostało wydane w kwietniu 2013 r. Obecnie w klasie XI, na trzech kierunkach studiów: ścisłym, handlowym i humanistycznym, uczy się 127 uczniów.